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Registro completo
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Biblioteca (s) : |
INIA Las Brujas. |
Fecha : |
15/03/2022 |
Actualizado : |
05/10/2022 |
Tipo de producción científica : |
Artículos en Revistas Indexadas Internacionales |
Autor : |
MENA, E.; GARAYCOCHEA, S.; STEWART, S.; MONTESANO, M.; PONCE DE LEÓN, I. |
Afiliación : |
EILYN MENA, Departamento de Biología Molecular, Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable; SILVIA RAQUEL GARAYCOCHEA SOLSONA, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; SILVINA MARIA STEWART SONEIRA, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; MARCOS MONTESANO, Departamento de Biología Molecular, Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable; INÉS PONCE DE LEÓN, Departamento de Biología Molecular, Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable. |
Título : |
Comparative genomics of plant pathogenic Diaporthe species and transcriptomics of Diaporthe caulivora during host infection reveal insights into pathogenic strategies of the genus. |
Fecha de publicación : |
2022 |
Fuente / Imprenta : |
BMC Genomics, 2022, volume 23, no. 1, 175. OPEN ACCESS. doi: https://doi.org/10.1186/s12864-022-08413-y |
ISSN : |
1471-2164 |
DOI : |
10.1186/s12864-022-08413-y |
Idioma : |
Inglés |
Notas : |
Article history: Received 21 October 2021; Accepted 23 February 2022; Published 03 March 2022.
This work was funded by "Agencia Nacional de Investigación e Innovación (ANII) (grant RTS-1-2014, and graduate fellowship)" Uruguay, "Programa de Desarrollo de las Ciencias Básicas (PEDECIBA)" Uruguay, and "Programa para Grupo de I + D Comisión Sectorial de Investigación Científica, Universidad de la República", Uruguay.
Author information: Eilyn Mena and Silvia Garaycochea contributed equally to this work.
Supplementary Information: https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-022-08413-y#Sec14 |
Contenido : |
ABSTRACT. - Background: Diaporthe caulivora is a fungal pathogen causing stem canker in soybean worldwide. The generation of genomic and transcriptomic information of this ascomycete, together with a comparative genomic approach with other pathogens of this genus, will contribute to get insights into the molecular basis of pathogenicity strategies used by D. caulivora and other Diaporthe species.
Results: In the present work, the nuclear genome of D. caulivora isolate (D57) was resolved, and a comprehensive annotation based on gene expression and genomic analysis is provided. Diaporthe caulivora D57 has an estimated size of 57,86?Mb and contains 18,385 predicted protein-coding genes, from which 1501 encode predicted secreted proteins. A large array of D. caulivora genes encoding secreted pathogenicity-related proteins was identified, including carbohydrate-active enzymes (CAZymes), necrosis-inducing proteins, oxidoreductases, proteases and effector candidates. |
Palabras claves : |
Diaporthe pathogens; Effectors; Genomes; Pathogenicity factors; RNAseq; Secretome; Soybean. |
Asunto categoría : |
F30 Genética vegetal y fitomejoramiento |
URL : |
http://www.ainfo.inia.uy/digital/bitstream/item/16809/1/s12864-022-08413-y.pdf
https://bmcgenomics.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s12864-022-08413-y.pdf
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Marc : |
LEADER 02531naa a2200289 a 4500 001 1062833 005 2022-10-05 008 2022 bl uuuu u00u1 u #d 022 $a1471-2164 024 7 $a10.1186/s12864-022-08413-y$2DOI 100 1 $aMENA, E. 245 $aComparative genomics of plant pathogenic Diaporthe species and transcriptomics of Diaporthe caulivora during host infection reveal insights into pathogenic strategies of the genus.$h[electronic resource] 260 $c2022 500 $aArticle history: Received 21 October 2021; Accepted 23 February 2022; Published 03 March 2022. This work was funded by "Agencia Nacional de Investigación e Innovación (ANII) (grant RTS-1-2014, and graduate fellowship)" Uruguay, "Programa de Desarrollo de las Ciencias Básicas (PEDECIBA)" Uruguay, and "Programa para Grupo de I + D Comisión Sectorial de Investigación Científica, Universidad de la República", Uruguay. Author information: Eilyn Mena and Silvia Garaycochea contributed equally to this work. Supplementary Information: https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-022-08413-y#Sec14 520 $aABSTRACT. - Background: Diaporthe caulivora is a fungal pathogen causing stem canker in soybean worldwide. The generation of genomic and transcriptomic information of this ascomycete, together with a comparative genomic approach with other pathogens of this genus, will contribute to get insights into the molecular basis of pathogenicity strategies used by D. caulivora and other Diaporthe species. Results: In the present work, the nuclear genome of D. caulivora isolate (D57) was resolved, and a comprehensive annotation based on gene expression and genomic analysis is provided. Diaporthe caulivora D57 has an estimated size of 57,86?Mb and contains 18,385 predicted protein-coding genes, from which 1501 encode predicted secreted proteins. A large array of D. caulivora genes encoding secreted pathogenicity-related proteins was identified, including carbohydrate-active enzymes (CAZymes), necrosis-inducing proteins, oxidoreductases, proteases and effector candidates. 653 $aDiaporthe pathogens 653 $aEffectors 653 $aGenomes 653 $aPathogenicity factors 653 $aRNAseq 653 $aSecretome 653 $aSoybean 700 1 $aGARAYCOCHEA, S. 700 1 $aSTEWART, S. 700 1 $aMONTESANO, M. 700 1 $aPONCE DE LEÓN, I. 773 $tBMC Genomics, 2022, volume 23, no. 1, 175. OPEN ACCESS. doi: https://doi.org/10.1186/s12864-022-08413-y
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Registros recuperados : 12 | |
4. | | MENA, E.; REBOLEDO, G.; STEWART, S.; MONTESANO, M.; PONCE DE LÉON, I. Análisis del transcriptoma de dos cultivares de soja en respuesta a la infección con Diaporthe caulivora. 306. (resúmen). Área temática: Biología Celular y Molecular. In: Physiological Mini Reviews, 2022, volume 15, Special Issue: III (3er) Congreso Nacional de Biociencias Octubre 2022, Montevideo, Uruguay. p.141-142. Resumen publicado en las jornadas de BIOCIENCIAS: II Jornadas Binacionales Argentina-Uruguay; III Congreso Nacional 2022 "Ciencia para el desarrollo sustentable".Tipo: Abstracts/Resúmenes |
Biblioteca(s): INIA Las Brujas. |
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6. | | MENA, E.; GARAYCOCHEA, S.; STEWART, S.; MONTESANO, M.; PONCE DE LEÓN, I. Comparative genomics of plant pathogenic Diaporthe species and transcriptomics of Diaporthe caulivora during host infection reveal insights into pathogenic strategies of the genus. BMC Genomics, 2022, volume 23, no. 1, 175. OPEN ACCESS. doi: https://doi.org/10.1186/s12864-022-08413-y Article history: Received 21 October 2021; Accepted 23 February 2022; Published 03 March 2022.
This work was funded by "Agencia Nacional de Investigación e Innovación (ANII) (grant RTS-1-2014, and graduate fellowship)" Uruguay, "Programa...Tipo: Artículos en Revistas Indexadas Internacionales | Circulación / Nivel : Internacional - -- |
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7. | | MENA, E.; REBOLEDO, G.; STEWART, S.; MONTESANO, M.; PONCE DE LEÓN, I. O1. Análisis del transcriptoma de dos cultivares de soja en respuesta a la infección con Diaporthe caulivora. [Presentación oral]. Presentaciones orales. In: Sociedad Uruguaya de Fitopatología (SUFIT). Jornada Uruguaya de Fitopatología, 7., Jornada Uruguaya de Protección Vegetal, 5., 10 noviembre 2023, Montevideo, Uruguay. Libro de resúmenes. 30 años SUFIT, 1993-2023. Montevideo (UY): Sociedad Uruguay de Fitopatología (SUFIT), 2023. p. 15. Financiamiento: Proyecto CSIC: "Receptores involucrados en la defensa vegetal frente a patógenos: Un abordaje evolutivo funcional y biotecnológico". Proyecto Fondo Clemente Estable FCE_3_2022_1_172688: "Estudio de los mecanismos de...Tipo: Abstracts/Resúmenes |
Biblioteca(s): INIA Las Brujas. |
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8. | | STEWART, S.; CORALLO, B.; BENTOS, D.; PONCE DE LEÓN, I.; PAN, D. P10. Patogenicidad de Fusarium spp. en sorgo. [Poster]. Posters. In: Sociedad Uruguaya de Fitopatología (SUFIT). Jornada Uruguaya de Fitopatología, 7., Jornada Uruguaya de Protección Vegetal, 5., 10 noviembre 2023, Montevideo, Uruguay. Libro de resúmenes. 30 años SUFIT, 1993-2023. Montevideo (UY): Sociedad Uruguay de Fitopatología (SUFIT), 2023. p. 37. Financiamiento: Proyecto CSIC I+D 2020 "Patogenicidad y toxicidad de especies de Fusarium y su efecto en el rendimiento del cultivo de sorgo y la inocuidad de los granos". -- Autor correspondencia: e-mail: sstewart@inia.org.uyTipo: Abstracts/Resúmenes |
Biblioteca(s): INIA Las Brujas. |
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9. | | CORALLO, B.; MENA, E.; STEWART, S.; PONCE DE LEÓN, I.; PAN, D. P2. Expresión de genes de Fusarium graminearum implicados en la producción de toxinas. [Poster] Posters. In: Sociedad Uruguaya de Fitopatología (SUFIT). Jornada Uruguaya de Fitopatología, 7., Jornada Uruguaya de Protección Vegetal, 5., 10 noviembre 2023, Montevideo, Uruguay. Libro de resúmenes. 30 años SUFIT, 1993-2023. Montevideo (UY): Sociedad Uruguay de Fitopatología (SUFIT), 2023. p. 29. Financiamiento: proyecto CSIC I+D 2020. -- Autor correspondencia: e-mail: bcorallo@fcien.edu.uyTipo: Abstracts/Resúmenes |
Biblioteca(s): INIA Las Brujas. |
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10. | | MENA, E.; GARAYCOCHEA, S.; STEWART, S.; MONTESANO, M.; PONCE DE LEÓN, I. Secuenciación del genoma y perfil transcriptómico de Diaporthe caulovora, agente causal del cancro del tallo en soja. In: Sociedad Uruguaya de Fitopatología Jornada Uruguaya de Fitopatología, 6., Jornada Uruguaya de Protección Vegetal, 4., 21-22 octubre, 2021, Montevideo, Uruguay. Libro de resúmenes. Montevideo (UY): Sociedad Uruguay de Fitopatología (SUFIT), 2021. p. 18.Tipo: Abstracts/Resúmenes |
Biblioteca(s): INIA Treinta y Tres. |
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11. | | GONZÁLEZ, A.C.; RUBIO, L.; MENA, E.; DELGADO-CERRONE, L.; ARRUABARRENA, A.; GONZÁLEZ-ARCOS, M.; PONCE DE LEÓN, I. P40. Identificación y caracterización de especies de Stemphylium causantes de la mancha gris de la hoja del tomate en Uruguay. [Poster]. Posters. In: Sociedad Uruguaya de Fitopatología (SUFIT). Jornada Uruguaya de Fitopatología, 7., Jornada Uruguaya de Protección Vegetal, 5., 10 noviembre 2023, Montevideo, Uruguay. Libro de resúmenes. 30 años SUFIT, 1993-2023. Montevideo (UY): Sociedad Uruguay de Fitopatología (SUFIT), 2023. p. 66. Financiamiento: ANII beca de doctorado por proyecto FCE_1_2021_1_166555. -- Autor correspondencia: e-mail: anaclgonzalez92@gmail.comTipo: Abstracts/Resúmenes |
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12. | | CONDE, P.; GARCIA, C.; VILLAMIL, J.J.; IBÁÑEZ, F.; ZOPPOLO, R.; ARIAS-SIBILLOTTE, M.; PONCE DE LEÓN , I.; BORSANI , O.; GARCÍA INZA, G. The impact of irrigation on olive fruit yield and oil quality in a humid climate. Agronomy, 2022, vol.12, issue 2, e313. OPEN ACCESS. doi: https://doi.org/10.3390/agronomy12020313 Article history: Received 15 December 2021; Revised 4 January 2022; Accepted 11 January 2022; Published: 26 January 2022.
Academic Editor: José Casanova Gascón.
This article belongs to the Special Issue Plant Responses to Stress and...Tipo: Artículos en Revistas Indexadas Internacionales | Circulación / Nivel : Internacional - -- |
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